1992 թվականին Տեր-Գրիգորյանցը ընդունելով Հայաստանի կառավարության հրավերը ստանձնեց Հայկական Բանակի հրամանատարությունը։ 1992-1995 թվականներին Տեր-Գրիգորյանցը դառնում է գլխավոր շտաբի պետ և Հայաստանի պաշտպանության նախարարի առաջին տեղակալ։ 1993 թվականին նա Պաշտպանության նախարարի պաշտոնակատար էր։